Morfometrija medicinskih slik na podlagi globokega učenja za kardiovaskularne aplikacije (J2-50067)

Splošni podatki

Oznaka
Naslov
Morfometrija medicinskih slik na podlagi globokega učenja za kardiovaskularne aplikacije
Obdobje
1. 10. 2023 -- 30. 9. 2026
Velikost
1,51 FTE
Aktivnosti
2.06 - Tehnika / Sistemi in kibernetika / Biomedicinska tehnika

Povzetek

Bolezni srca in ožilja so med glavnimi vzroki umrljivosti in invalidnosti v svetovnem merilu, klinično zdravljenje bolezni srčnih zaklopk pa je zaradi vse večje razširjenosti postalo pomembno področje kardiovaskularne medicine. Abnormalnosti aortne zaklopke so med najpogostejšimi vrstami bolezni srčnih zaklopk, povezane pa so s staranjem in prirojenimi ali kroničnimi boleznimi srca. Njihovo kirurško zdravljenje pa zahteva temeljito morfometrično razumevanje kompleksne tridimenzionalne anatomije aortnega korena in zaklopke, ki jo je mogoče predoperativno oceniti s slikovno podprtimi kardiovaskularnimi preiskavami in pravilno interpretacijo kvantitativnih značilnic, izluščenih iz pridobljenih slik. V zadnjih nekaj desetletjih je napredek v umetni inteligenci, zlasti globokem učenju, postal sestavni del sodobnih metod za avtomatska računalniško podprto analizo medicinskih slik. V predlaganem raziskovalnem projektu bomo načrtovali, razvili in vrednotili metode za analizo slik na podlagi globokega učenja, katerih cilj bo izboljšati interpretacijo medicinskih slik, ter raziskati njihovo uporabo v klinični praksi na področju kardiovaskularne medicine in slikanja srca in ožilja, zlasti za klinično obravnavo bolezni srčnih zaklopk. V kardiovaskularni medicini so avtomatske računalniško podprte metode za morfometrijo aortne zaklopke večinoma osredotočene na segmentacijo slik, to je postopek določanja meja aortnega korena na dani sliki, ter zaznavanje oslonilnih točk, to je postopek določanja specifičnih anatomskih točk, ki opredeljujejo aortno zaklopko in njene lističe. Za celovito morfometrijo aortne zaklopke kot kvantitativno analizo značilnic njene velikosti in oblike bomo najprej oblikovali zbirko tridimenzionalnih koronarnih računalniško tomografskih slik s pripadajočimi referenčnimi oznakami. Nato bomo zasnovali in razvili sodobne algoritme na osnovi globokega učenja za zaznavanje oslonilnih točk na aortni zaklopki ter za segmentacijo aortnega korena iz slik, pri čemer se bomo osredotočili na spodbujevalno učenje, vzhajajočemu področju umetne inteligence, ki je opredeljeno kot znanost o odločanju. S preoblikovanjem postopkov za analizo slik v metode spodbujevalnega učenja z več agenti se bomo dinamično naučili optimalnih strategij na podlagi informacij, ki jih bodo priskrbeli preostali agenti. Nato bomo razvili in uporabili tehnike analize medicinskih slik za avtomatko merjenje morfometričnih značilnic, ki opisujejo kompleksno tridimenzionalno anatomijo aortnih lističev. Te značilnice so namreč izjemno pomembne, saj jih kardiovaskularni kirurgi preučujejo za načrtovanje kirurške zamenjave ali popravila aortne zaklopke, njihovo avtomatsko merjenje pa lahko poleg ponovljivosti in zanesljivosti olajša potek dela naših kliničnih partnerjev in izboljša kakovost življenja oseb z boleznijo srčne zaklopke. Končno bomo zasnovali programsko okolje za integracijo razvitih metod na podlagi globokega učenja in tehnik za morfometrijo aortne zaklopke z orodji za ravnanje z medicinskimi slikami, pri čemer bomo zagotovili tudi njihovo končno funkcionalnost. O metodoloških napredkih in pridobljenih rezultatih bomo poročali v obliki objav v kakovostnih znanstvenih revijah in predstavitvijo na mednarodnih konferencah, kot tudi z uporabo orodij odprte znanosti in mreženja. Naši cilji so torej osredotočeni na oblikovanje celovite morfometrije aortne zaklopke, ki bo temeljila na metodah za zaznavanje oslonilnih točk aortne zaklopke in segmentacijo aortnega korena, in sicer na podlagi najsodobnejših pristopov na področju globokega učenja, ter integracija razvitih metod v končno programsko okolje s končno funkcionalnostjo, ki bo olajšalo klinični potek dela z vidika preiskav srca in ožilja na podlagi slik ter načrtovanje operacij, kot tudi omogočilo nadaljnje raziskave na področju kardiovaskularne medicine.

Faze projekta in njihova realizacija

Delovni paketi (DP)
DP-1
Zbirka slik
DP-2
Analiza slik na podlagi globokega učenja
DP-3
Morfometrija srčne zaklopke
DP-4
Programsko okolje
DP-5
Razširjanje raziskav
2023
DP-1 / Zbirka slik
Dokončano
DP-5 / Razširjanje raziskav
Dokončano
2024
DP-1 / Zbirka slik
V teku
DP-2 / Analiza slik na podlagi globokega učenja
V teku
DP-3 / Morfometrija srčne zaklopke
Načrtovano
DP-5 / Razširjanje raziskav
V teku
2025
DP-1 / Zbirka slik
Načrtovano
DP-2 / Analiza slik na podlagi globokega učenja
Načrtovano
DP-3 / Morfometrija srčne zaklopke
Načrtovano
DP-4 / Programsko okolje
Načrtovano
DP-5 / Razširjanje raziskav
Načrtovano
2026
DP-2 / Analiza slik na podlagi globokega učenja
Načrtovano
DP-3 / Morfometrija srčne zaklopke
Načrtovano
DP-4 / Programsko okolje
Načrtovano
DP-5 / Razširjanje raziskav
Načrtovano

Bibliografski zapisi

1.
Sepideh Amiri, Tomaž Vrtovec, Tamerlan Mustafaev, Christopher L. Deufel, Henrik S. Thomsen, Martin Hylleholt Sillesen, Erik Gudmann Steuble Brandt, Michael Brun Andersen, Christoph Felix Müller, Bulat Ibragimov: Reinforcement learning-based anatomical maps for pancreas sub-region and duct segmentation. Medical Physics, 2024 [COBISS-ID:202626819 ] [doi:10.1002/mp.17300 ]
2.
Luka Škrlj, Matija Jelenc, Tomaž Vrtovec: Deep learning-based landmark localization in 3D CT images of the heart: method and dataset comparison. SPIE Medical Imaging 2024: Image Processing, 18.-22. februar, San Diego, ZDA, 12926:129260F, 2024 [COBISS-ID:192626179 ] [doi:10.1117/12.3006326 ]
3.
Luka Škrlj, Matija Jelenc, Tomaž Vrtovec: Detection of aortic cusp landmarks in computed tomography images with deep learning. 12th International Conference on Functional Imaging and Modeling of the Heart - FIMH 2024, 19.-22. junij, Lyon, Francija; Lecture Notes in Computer Science, 13958:301-309, 2024 [COBISS-ID:157219075 ] [doi:10.1007/978-3-031-35302-4_31 ]