Spremljanje zdravja ustne votline s hiperspektralnim slikanjem (J2-7211)

Splošni podatki

Oznaka
Naslov
Spremljanje zdravja ustne votline s hiperspektralnim slikanjem
Obdobje
1. 1. 2016 -- 31. 12. 2018
Velikost
1,63 FTE
Aktivnosti
2.06 - Tehnika / Sistemi in kibernetika / Biomedicinska tehnika

Povzetek

Zdravljenje bolezni ustne votline predstavlja v povprečju približno 10 % vseh zdravstvenih izdatkov razvitih evropskih držav, ki pogosto presegajo izdatke povezane z zdravljenjem številnih drugih bolezni, med drugim tudi rakastih in srčnih obolenj. Med najpogostejšima boleznima ustne votline sta zobni karies in paradontalne bolezni. Zobni karies prizadene kar 60 do 90 % šolskih otrok in skorajda vse odrasle. Težje oblike paradotalnih bolezni prizadenejo med 15 in 20 % oseb srednjih let. Zobni karies in paradontalne bolezni skupaj tvorita glavna dva vzroka za izgubo zob. Učinkovito upravljanje in zdravljenje bolezni ustne votline bi lahko dosegli s sistemi za spremljanje zdravja ustne votline, ki bi bili primerni za uporabo tako v kliničnem, kot tudi v domačem okolju. Na ta način bi lahko vsak posameznik spremljaj in na nek način tudi upravljal zdravje svoje ustne votline. To bi bistveno znižalo posredne in neposredne stroške povezana z zdravljenjem ustne votline ter ozaveščalo ljudi o pomembnosti pravilne vsakodnevne ustne higiene. Vendar pa bo na poti do uresničitve ambiciozno zadanega cilja, potrebno rešiti številne zahtevne raziskovalne naloge, ki obsegajo več raziskovalnih področij. Prvič, sistem za spremljanje zdravja ustne votline mora temeljiti na popolnoma neinvazivnih diagnostičnih postopkih. Med najbolj obetavnimi sodobnimi neinvazivnimi optičnimi postopki za zaznavanje in kvantitativno vrednotenje bolezni trdnih zobnih tkiv, so laserska fluorescenca (LF) in difuzno reflektančna (DR) spektroskopija v bližnjem infrardečem (NIR) delu spektra. S pomočjo LF je mogoče pridobiti podatke o strukturi in vsebnosti mineralov ter prisotnosti bakterij v površinskih plasteh trdnih zobnih tkiv, NIR DR pa prodre mnogo globje v trdna zobna tkiva in na ta način dopolnjuje LF. Neinvazivno vrednotenje strukture in funkcije mehki tkiv ustne votline bi lahko dosegli z DR spektroskopijo v vidnem in deloma NIR spektralnem področju. Ker je za učinkovito spremljanje bolezenskih in drugih sprememb ustne votline potrebna tudi prostorska informacija, se kot idealna rešitev ponuja hiperspektralno slikanje (HS), ki učinkovito združuje spektralno s prostorsko slikovno informacijo. Ker pa med neštetimi spektroskopskimi tehnikami obstajajo številne pomembne razlike, se bo potrebno spopasti z več zahtevnimi nalogami, ki obsegajo prostorske omejitve vezane na anatomijo ustne votline, in še posebej obdelave zajetih večmodalnih hiperspektralnih slik (VHS). Za učinkovito slikanje celotne ustne votline bo verjetno potrebno zajeti več delno prekrivajočih se VHS, za učinkovito spremljanje časovnih sprememb pa slikanje periodično ponavljati. Na ta način zajete slike bo potrebno poravnati v skupni referenčni koordinatni sistem, kjer bo mogoče kvantitativno ovrednotiti zajeto večmodalno informacijo, ter opazovati časovne spremembe ustne votline, ki odražajo potek bolezni ali zdravljenja. V predlaganem projektu se bomo osredotočili na tri točke povezane s sistemom za spremljanje zdravja ustne votline: a) načrtovanje optičnih sistemov in osvetlitve za zajem visoko kakovostnih VHS, b) razvoj novih robustnih postopkov za obnovo in poravnavo večmodalnih, delno prekrivajočih se, hiperspektralnih slik v referenčni koordinatni sistem, kjer bo mogoče učinkovito ovrednotiti zajeto spektralno, prostorsko in časovno informacijo, in c) novih postopkov za zanesljivo odkrivanje in kvantitativno vrednotenje začetnih primarnih in sekundarnih karioznih lezij in njihove aktivnosti iz obnovljenih in poravnanih VHS iz vidnega in NIR dela spektra. S predlaganim projektom bomo naredili velik korak v smeri razvoja učinkovitih sistemov za spremljanje zdravja ustne votline, ki bodo temeljili na zanesljivih neinvazivnih diagnostičnih postopkih za zgodnje odkrivanje bolezenskih sprememb. S takimi sistemi bo mogoče bistveno izboljšali kakovost življenja starajočega se evropskega prebivalstva ter omejiti ali celo zmanjšati naraščajoče izdatke povezane z zdravljenjem bolezni ustne votline.

Raziskovalci

Faze projekta in njihova realizacija

Delovni paketi (DP)
DP I
Razvoj najsodobnejših optičnih in osvetlitvenih sistemov primernih za zajem visoko kakovostnih večmodalnih hiperspektralnih slik
DP II
Razvoj novih robustnih postopkov obnove in poravnave, ki bodo obnovili kakovost ter poravnali večmodalne hiperspektralne slike v skupni referenčni koordinatni sistem
DP III
Razvoj novih postopkov, ki bodo iz obnovljenih in poravnanih večmodalnih hiperspektralnih slik izluščili relevantno diagnostično informacijo
2016
Razvoj in izdelava laboratorijskega sistema za zajem difuzno refktančnih in lasersko fluorescenčnih hiperspektralnih slik v vidnem in bližnjem infrardečem delu spektra (DP I)
Dokončano
Razvoj in vrednotenje novih postopkov za obnovo večmodalnih hiperspektralnih slik s koregistracijo (DP II)
Dokončano
Razvoj novih postopkov za direktno merjenje 3D prenosne funkcije večmodalnih hiperspektralnih slikovnih sistemov in obnove slik z dekonvolucijo. (DP II)
Dokončano
Razvoj novih postopkov za poravnavo delno prekrivajočih se obnovljenih večmodalnih hiperspektralnih slik v skupni referenčni koordinatni sistem (DP II)
Dokončano
Objava rezultatov in novih znanstvenih spoznanj na mednarodnih konferencah in v SCI revijah
Dokončano
2017
Izdelava zbirke difuzno reflektančnih in fluorescenčnih spektrov s pripadajočimi referenčnimi podatki (DP III)
Dokončano
Izvedba primerjalne študije različnih optičnih in osvetlitvenih sistemov za intraoralno in ekstraoralno večmodalno hiperspektralno ali večspektralno slikanje (DP I)
Dokončano
Primerjalno vrednotenje kompaktnih večspektralni in hiperspektralnih sistemov za intraoralno in extraoralno slikanje (DP I)
Dokončano
Razvoj in vrednotenje novi statističnih postopkov za odkrivanje in kvantitativno vrednotenje kariesa (DP III)
Dokončano
Merjenje optičnih lastnosti najpogosteje uporabljanih kompozitnih materialov v bližnjem infrardečem delu spektra (DP III)
Dokončano
Objava rezultatov in novih znanstvenih spoznanj na mednarodnih konferencah in v SCI revijah
Dokončano
2018
Razvoj novih postopkov za odkrivanje in kvantitativno vrednotenje kariesa s postopki modeliranja strukture in optičnih lastnosti tkiv (DP III)
Dokončano
Izvedba študije primernosti bližnje infrardečega difuzno reflektančnega hiperspektralnega slikanja za odkrivanje kariesa pod in ob plombah (DP III)
Dokončano
Razvoj novih postopkov za odkrivanje in kvantitativno vrednotenje kariesa podprtih z merjenje dinamike izhlapevanja vode iz zobnih tkiv in diferencialno informacijo časovnih sprememb izluščeno iz poravnanih večmodalnim hiperspektralnim slik zajetih ob različnih časih (DP III)
Dokončano
Določitev najpomembnejših spektralnih pasov difuzno reflektančnega in lasersko fluorescenčnega hiperspektralnega slikanja (DP III)
Dokončano
Razvoj novih kompaktnih optičnih in osvetlitvenih sistemov za spremljanje zdravja ustne votline s hiperspektralnim slikanjem (DP I)
Dokončano
Objava rezultatov in novih znanstvenih spoznanj na mednarodnih konferencah in v SCI revijah
Dokončano

Bibliografski zapisi

1.
Peter Naglič, Yevhen Zelinskyi, Boštjan Likar, Franjo Pernuš, Miran Bürmen: OpenCL framework for fast estimation of optical properties from spatial frequency domain images. SPIE BiOS 2019: High-Speed Biomedical Imaging and Spectroscopy IV, K.K. Tsia, K. Goda (Eds.), 2.-7. februar, San Francisco, ZDA, Proc. of SPIE 10889:1088919, 2019 [COBISS-ID:12396372 ] [doi:10.1117/12.2509986 ]
2.
Peter Naglič, Yevhen Zelinskyi, Boštjan Likar, Franjo Pernuš, Miran Bürmen: From Monte Carlo simulations to efficient estimation of optical properties for spatial frequency domain imaging. SPIE BiOS 2019: Molecular-Guided Surgery: Molecules, Devices, and Applications V, B.W. Pogue, S. Gioux (ur.), 2.-7. februar, San Francisco, ZDA, Proc. of SPIE 10862:1086209, 2019 [COBISS-ID:12396884 ] [doi:10.1117/12.2510195 ]
3.
Yevhen Zelinskyi, Peter Naglič, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: Fast and accurate Monte Carlo simulations of subdiffusive spatially resolved reflectance for a complex probe-sample interface. SPIE BiOS 2019: Optical Fibers and Sensors for Medical Diagnostics and Treatment Applications XIX, I. Gannot (ur.), 2.-7. februar, San Francisco, ZDA, Proc. of SPIE 10872:108720R, 2019 [COBISS-ID:12393300 ] [doi:10.1117/12.2510046 ]
4.
Matic Ivančič, Peter Naglič, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: Efficient estimation of subdiffusive optical parameters in real time from spatially resolved reflectance by artificial neural networks. Optics letters, 43(12):2901-2904, 2018 [COBISS-ID:12098132 ] [doi:10.1364/OL.43.002901 ]
5.
Peter Naglič, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: Adopting higher-order similarity relations for improved estimation of optical properties from subdiffusive reflectance. Optics letters, 42(7):1357-1360, 2017 [COBISS-ID:11717716 ] [doi:10.1364/OL.42.001357 ]
6.
Peter Naglič, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: Estimation of optical properties from subdiffusive reflectance beyond the second similarity parameter γ. European Conferences on Biomedical Optics 2017: Diffuse Optical Spectroscopy and Imaging VI, H. Dehghani, H. Wabnitz (ur.), 25.-27. junij, München, Nemčija, Proc of. SPIE 10412:1041205, 2017 [COBISS-ID:11894100 ] [doi:10.1117/12.2286344 ]
7.
Matic Ivančič, Peter Naglič, Boštjan Likar, Franjo Pernuš, Miran Bürmen: The role of numerical aperture in efficient estimation of spatially resolved reflectance by a Monte Carlo light propagation model. SPIE BiOS 2017: Optical Interactions with Tissue and Cells XXVIII, E.D. Jansen, H.T. Beier (ur.), 30.-31. januar, San Francisco, ZDA, Proc. of SPIE 10062:100621B, 2017 [COBISS-ID:11890772 ] [doi:10.1117/12.2252541 ]
8.
Matic Ivančič, Peter Naglič, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: Virtually increased acceptance angle for efficient estimation of spatially resolved reflectance in the subdiffusive regime: a Monte Carlo study. Biomedical Optics Express, 8(11):4872-4886, 2017 [COBISS-ID:11890004 ] [doi:10.1364/BOE.8.004872 ]
9.
Jurij Jemec, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: 2D sub-pixel point spread function measurement using a virtual point-like source. International Journal of Computer Vision, 121(3):391-402, 2017 [COBISS-ID:11485524 ] [doi:10.1007/s11263-016-0948-8 ]
10.
Jurij Jemec, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: Direct three-dimensional point spread function measurement for spectral-spatial interdependence error assessment of imaging spectrometers. Hyperspectral Imaging and Sounding of the Environment 2016, 14.-17. november, Leipzig, Nemčija, Proc. of OSA, HM2E.4, 2016 [COBISS-ID:11615060 ] [doi:10.1364/HISE.2016.HM2E.4 ]
11.
Jurij Jemec, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: Deconvolution-based restoration of SWIR pushbroom imaging spectrometer images. Optics Express, 24(21):24704-24718, 2016 [COBISS-ID:11575124 ] [doi:10.1364/OE.24.024704 ]
12.
Peter Naglič, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: Estimation of optical properties by spatially resolved reflectance spectroscopy in the subdiffusive regime. Journal of Biomedical Optics, 21(9):095003, 2016 [COBISS-ID:11558228 ] [doi:10.1117/1.JBO.21.9.095003 ]
13.
Jurij Jemec, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: Along-track calibration of SWIR push-broom hyperspectral imaging system. SPIE Commercial + Scientific Sensing and Imaging 2016: Hyperspectral Imaging Sensors: Innovative Applications and Sensor Standards 2016, D.P. Bannon (ur.), 17.-21. april, Baltimore, ZDA, Proc. of SPIE, 9860:98600H, 2016 [COBISS-ID:11360596 ] [doi:10.1117/12.2223800 ]
14.
Matic Ivančič, Peter Naglič, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: Extraction of optical properties from hyperspectral images by Monte Carlo light propagation model. SPIE BiOS 2016: Optical Interactions with Tissue and Cells XXVII, E.D.Jansen (ur.), 13.-18. februar, San Francisco, ZDA, Proc. of. SPIE 9706:97061A, 2016 [COBISS-ID:11312980 ] [doi:10.1117/12.2212807 ]
15.
Peter Naglič, Blaž Cugmas, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Miran Bürmen: Extraction of optical properties in the sub-diffuse regime by spatially resolved reflectance spectroscopy. SPIE BiOS 2016: Optical Interactions with Tissue and Cells XXVII, E.D.Jansen (ur.), 13.-18. februar, San Francisco, ZDA, Proc. of. SPIE 9706:97061C, 2016 [COBISS-ID:11312724 ] [doi:10.1117/12.2212947 ]