Avtomatska analiza angiografskih slik za zgodnjo diagnostiko, spremljanje in zdravljenje intrakranialnih anevrizem (J2-8173)

Splošni podatki

Oznaka
Naslov
Avtomatska analiza angiografskih slik za zgodnjo diagnostiko, spremljanje in zdravljenje intrakranialnih anevrizem
Obdobje
1. 5. 2017 -- 30. 4. 2020
Velikost
2,06 FTE
Aktivnosti
2.06 - Tehnika / Sistemi in kibernetika / Biomedicinska tehnika

Povzetek

Bolezni srca in žilja so vodilni vzrok smrti in invalidnosti na svetu, ki sta na ta račun v zadnjem desetletju poskočili za zaskrbljujočih 22,6%. Statistika svetovne zdravstvene organizacije iz leta 2008 kaže, da je možgansko žilje med bolj prizadetimi s 30 % smrti vseh smrti zaradi možganskožilnih patologij. Primer je intrakranialna anevrizma (IA), kjer del stene žilja oslabi in se posledično napihne v izbočeno mehurčkasto strukturo. Ta lahko rupturira in tako povzroči možgansko krvavitev, ki je v 40% usodna, med preživelimi pa jih 66% trpi za trajno nevrološko okvaro. Ruptura je sicer redka, pri čemer med 50 do 80 % vseh IA nikoli ne rupturira, vendar pa presentljivo visoka prevalenca 3.2% nerupturiranih IA (1 od 30 ljudi) vodi do 500.000 smrti po celem svetu letno zaradi rupture in polovica prizadetih je mlajša od 50. Ocenjeni direktni in indirektni stroški zdravljenja so 138 milijonov dolarjev letno. Iz teh razlogov je očitna potreba po stalnih izboljšavah orodij in postopkov za klinično upravljanje z IA. Čeprav sta načina zdravljenja s kiruškim odstranjevanjem in znotrajžilnim žičkanjem precej uveljavljena za večje (kupola ) 10 mm) in simptomatske IA, pa je izrazita potreba po boljšem kliničnem upravljanju manjših IA. Te so velikokrat asimptomatske in odkrite povsem naključno s 3D-DSA, CTA ali MRA slikanjem, pri čemer je razmerje tveganje/korist precej nenaklonjeno kakršnemu koli zdravljenju, saj male IA veliko pogosteje rupturirajo med zdravljenjem kot večje. Podobni pomisleki so pri upravljanju IA po zdravljenju ne glede na njeno velikost, kjer napovedni dejavniki in klinične smernice za zaznavo in ukrepanje ob potencialno usodnem razraščanju ali rupturi še niso vzpostavljene. Nedavne študije kažejo, da in-vivo 3D-DSA, CTA in MRA morfološke meritve IA kot so velikost, razmerje stranic (višina kupole/širina vratu), razmerje velikosti anevrizme in okoliškega žilja in drugi indeksi oblike predstavljajo pomembne neodvisne dejavnike tveganja rupture. V primerjavi s hemodinamskimi indeksi kot so stresna sila na steno žilja ali indeks pulzacije so se morfološki indeksi izkazali za bolj zanesljive pri oceni tveganja rupture pri večjih anevrizmah. Omenjeni morfološki indeksi se osredotočajo na velike vrečaste anevrizme, medtem ko so precej nespecifični za male anevrizme zaradi površnega opisa oblike IA. Nedavna študija je pokazala, da je tveganje rupture mnogo višje za IA, ki s časom rastejo, in neodvisno od začetne velikosti. Nove in boljše dejavnike tveganja rupture lahko določimo iz longitudinalnih 3D-DSA, CTA in MRA slik s kvantifikacijo drobnih morfoloških sprememb posamezne opazovane IA. Glavni cilji predlaganega projekta predstavljajo razvoj inovativnih postopkov in sistemov na osnovi in-vivo slikanja IA, z namenom njihovega odkrivanja in diagnoze ter pred- in po-operativnega vrednotenja in sledenja s kvantitativnimi morfološkimi meritvami. Vse teoretične, računske in translacijske aktivnosti bodo usmerjene okoli naslednjih tem: 1) razvoj natančnega in zanesljivega ter od modalitete slik (3D-DSA, CTA, MRA) neodvisnega detektorja z uporabo naprednih konvolucijskih nevronskih omrežij za namen čim bolj zgodnjega zaznavanja IA; 2) razvoj novih postopkov za razgradnjo in izolacijo IA od okoliškega žilja in novih morfoloških mer opisa oblike IA; 3) razvoj nove večmodalne poravnave slik z normalizacijo slik v zaporednih preiskavah in novih morfoloških mer opisa sprememb oz. rasti IA; 4) razvoj standardiziranih validacijskih zbirk na osnovi realnih 3D-DSA, CTA in MRA slik in njihova uporaba za temeljito in objektivno vrednotenje novih postopkov ter prospektivno vrednotenje v kliničnih presejalnih študijah; 5) translacija razvitih postopkov in sistemov v klinično okolje in objava rezultatov v relevantnih znanstvenih publikacijah in skupnostih. Uspeh tega projekta bo nedvomno imel velik vpliv na klinično upravljanje intrakranialnih anevrizem.

Raziskovalci

Faze projekta in njihova realizacija

Delovni paketi (DP)
DP I
Razvoj avtomatskih postopkov za odkrivanje anevrizem
DP II
Razvoj avtomatskih postopkov za kvantifikacijo morfologije anevrizem
DP III
Razvoj avtomatskih postopkov za kvantifikacijo rasti anevrizme
DP IV
Validacija računalniško-podprtega odkrivanja in kvantifikacije anevrizem na kliničnih 3D-DSA, CTA in MRA slikah
DP V
Vpeljava postopkov in protokolov v klinične raziskave in objava rezultatov raziskav
2017
Implementacija obstoječih uveljavljenih postopkov odkrivanja anevrizem (DP I)
Dokončano
Razvoj izboljšanega postopka odkrivanja anevrizem s konvolucijskimi nevronskimi mrežami (DP I)
Dokončano
Implementacija obstoječih uveljavljenih postopkov izolacije anevrizem (DP II)
Dokončano
Razvoj izboljšanega postopka izolacije anevrizme (DP II)
Dokončano
Ustvarjanje zbirke slik z zlatim standardom z ročno označenimi in izoliranimi anevrizmami (DP IV)
Dokončano
2018
Reimplementacija in razvoj novih kvantitativnih meritev anevrizem (DP II)
Dokončano
Razvoj netoge poravnave slik za izločanje vzorcev rasti anevrizme (DP III)
Dokončano
Reimplementacija in razvoj novih morfoloških meritev anevrizem za kvantifikacijo rasti anevrizme (DP III)
Dokončano
Validacija odkrivanja in izolacije anevrizem na zbirki slik z zlatim standardom (DP IV)
Dokončano
Validacija odkrivanja anevrizem v klinični presejalni študiji (DP IV)
Dokončano
Zasnova in implementacija funkcionalnega računalniško podprtega sistema za odkrivanje in kvantifikacijo anevrizem (DP V)
Dokončano
Objave raziskovalnih rezultatov v recenziranih znanstvenih revijah in na mednarodnih znanstvenih konferencah (DP V)
Dokončano
2019
Validacija odkrivanja anevrizem v klinični presejalni študiji (DP IV)
Dokončano
Validacija morfoloških meritev za spremljanje rasti anevrizem (DP IV)
Dokončano
Validacija morfoloških meritev za spremljanje rasti anevrizme po znotrajžilnem žičkanju (DP IV)
Dokončano
Izboljšave računalniško podprtega sistema na podlagi povratnih informacij iz kliničnih študij (DP V)
Dokončano
Objave raziskovalnih rezultatov v recenziranih znanstvenih revijah in na mednarodnih znanstvenih konferencah (DP V)
Dokončano
2020
Validacija odkrivanja anevrizem v klinični presejalni študiji (DP IV)
Dokončano
Validacija morfoloških meritev za spremljanje rasti anevrizem (DP IV)
Dokončano
Validacija morfoloških meritev za spremljanje rasti anevrizme po znotrajžilnem žičkanju (DP IV)
Dokončano
Izboljšave računalniško podprtega sistema na podlagi povratnih informacij iz kliničnih študij (DP V)
Dokončano
Objave raziskovalnih rezultatov v recenziranih znanstvenih revijah in na mednarodnih znanstvenih konferencah (DP V)
Dokončano

Bibliografski zapisi

1.
Žiga Bizjak, Boštjan Likar, Franjo Pernuš, Žiga Špiclin: Modality agnostic intracranial aneurysm detection through supervised vascular surface classification. arXiv:2005.14467, 2020 [arXiv:2005.14467 ]
2.
Žiga Bizjak, Boštjan Likar, Franjo Pernuš, Žiga Špiclin: Vascular surface segmentation for intracranial aneurysm isolation and quantification. 23rd International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention - MICCAI 2020, A.L. Martel et al. (ur.), 4.-8. oktober, Lima, Peru, Lecture Notes in Computer Science 12266:128-137, 2020 [COBISS-ID:33250307 ] [doi:10.1007/978-3-030-59725-2_13 ]
3.
Hennadii Madan, Rok Berlot, Nicola J. Ray, Franjo Pernuš, Žiga Špiclin: Practical priors for Bayesian inference of latent biomarkers. IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics, 24(2):396-406, 2020 [COBISS-ID:12721492 ] [doi:10.1109/JBHI.2019.2945077 ]
4.
Tim Jerman, Aichi Chien, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Žiga Špiclin: Automated cutting plane positioning for intracranial aneurysm quantification. IEEE Transactions on Biomedical Engineering, 67(2):577-587, 2019 [COBISS-ID:12543316 ] [doi:10.1109/TBME.2019.2918921 ]
5.
Žiga Bizjak, Tim Jerman, Boštjan Likar, Franjo Pernuš, Aichi Chien, Žiga Špiclin: Registration based detection and quantification of intracranial aneurysm growth. SPIE Medical Imaging 2019: Computer-Aided Diagnosis, K. Mori, H.K. Hahn (ur.), 16.-21. februar, San Diego, ZDA, Proc. SPIE 10950:1095007, 2019 [COBISS-ID:12500564 ] [doi:10.1117/12.2512781 ]
6.
Hennadii Madan, Franjo Pernuš, Žiga Špiclin: Reference-free error estimation for multiple measurement methods. Statistical Methods in Medical Research, 28(7):2196-2209, 2018 [COBISS-ID:11948116 ] [doi:10.1177/0962280217754231 ]
7.
Uroš Mitrović, Boštjan Likar, Franjo Pernuš, Žiga Špiclin: 3D-2D registration in endovascular image-guided surgery: evaluation of state-of-the-art methods on cerebral angiograms. International Journal of Computer Assisted Radiology and Surgery, 13(2):193-202, 2018 [COBISS-ID:11878228 ] [doi:10.1007/s11548-017-1678-2 ]
8.
Timur Aksoy, Žiga Špiclin, Franjo Pernuš, Gozde Unal: Monoplane 3D-2D registration of cerebral angiograms based on multi-objective stratified optimization. Physics in Medicine and Biology, 62(24):9377-9394, 2017 [COBISS-ID:11896660 ] [doi:10.1088/1361-6560/aa9474 ]
9.
Tim Jerman, Franjo Pernuš, Boštjan Likar, Žiga Špiclin: Aneurysm detection in 3D cerebral angiograms based on intra-vascular distance mapping and convolutional neural networks. 14th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging - ISBI 2017, G. Egan, O. Salvado (ur.), 18.-21. april, Melbourne, Avstralija, 612-615, 2017 [COBISS-ID:11774036 ] [doi:10.1109/ISBI.2017.7950595 ]